Tujuan yang ingin dicapai SMP Negeri 13 Ambon sebagai berikut:
1. Terwujudnya peserta didik yang memiliki iman dan Taqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa melalui kegiatan berdoa sebelum dan sesudah proses pembelajaran
2. Terwujudnya peserta didik yang peduli terhadap Lingkungan sekolah yang Bersih dan Indah, melalui kegiatan Bersih sekolah (Tiket masuk tiket pulang)
3. Terwujudnya peserta didik yang berbudi pekerti luhur melalui kegiatan Senyum, Sapa, Salam, Sopan dan Santun
4. Terwujudnya peserta didik yang Sehat melalui kegiatan Jumat Sehat dan Kantin sehat
5. Terwujudnya rasa aman dalam diri peserta didik dari perundungan melalui kegiatan pembinaan karakter setiap hari senin minggu ke-2 dan 4
6. Terwujudnya peserta didik yang berkualitas melalui proses belajar mengajar yang berdiferensiasi
7. Terwujudnya peserta didik yang memiliki prestasi akademik dan non akademik melalui kegiatan ekstrakurikuler
8. Terwujudnya peningkatan literasi peserta didik melalui kegiatan literasi 15 menit sebelum proses belajar dimulai
9. Terwujudnya kreaktifitas peserta didik melalui partisipasi dalam kegiatan perlombaan baik tingkat sekolah, kecamatan, maupun kota dan provinsi
10. Terwujudnya peserta didik yang memiliki kemampuan berkomunikasi dan bernalar kritis melalui program Jurnalis Spentilas Bastory
11. Terwujudnya peserta didik yang memiliki sikap saling menghargai perbedaan melalui kegiatan Kokurikuler (Projek P5)
12. Terwujudnya peserta didik yang memiliki sikap toleransi antar umat beragama melalui kegiatan ibadah OSIS dan perayaan Hari Besar Keagamaan
13. Terwujudnya rasa aman dan nyaman bagi peserta didik berkebutuhan khusus melalui program layanan dan pembimbingan Kurikulum SMP Negeri 13 Ambon
14. Terwujudnya peserta didik yang memiliki rasa cinta pada tanah air dengan menyanyikan lagu nasional di jam pelajaran pertama dan lagu daerah di jam pembelajaran terakhir
